In seltenen Fällen können die Bakterien durch die Schleimhaut in die Blutbahn oder andere Organe eindringen, also invasiv werden. Sie können dann eine Blutvergiftung verursachen und/oder sich in verschiedenen Organen verbreiten. Es kann so zu schweren Erkrankungen wie einer eitrigen Hirnhautentzündung (Meningitis) oder einem Kreislaufschock mit Organversagen kommen.
Durch Meningokokken verursachte Hirnhautentzündungen und Blutvergiftungen können innerhalb weniger Stunden ein lebensbedrohliches Ausmass annehmen. Eine rasche Spitaleinweisung und eine frühzeitige Behandlung mit Antibiotika sind von entscheidender Bedeutung.
Etwa eine von vier Personen mit schwerer Meningokokken-Erkrankung stirbt oder bleibt durch Lähmungen, Gehörverlust oder Verlust von Gliedmassen lebenslang behindert.